Oggi la chiesa celebra San Giovanni XXIII che ebbe sempre grande stima e devozione per il Santo dei Miracoli, da lui amato e venerato anche per l'amicizia personale che ebbe modo di intrecciare con alcuni frati francescani, soprattutto nel tempo della sua residenza ad Istanbul come Delegato apostolico.
Nel 1963, anno che segnava il VII centenario del ritrovamento della Lingua incorrotta di Sant'Antonio, Giovanni XXIII volle mandare al Ministro Generale dei Frati Minori conventuali una sua lettera per marcare il felice anniversario. Si tratta dell'epistola Franciscalis Familia.
L'anno precedente, proprio il 3 giugno 1962, un anno esatto prima della sua morte, lo stesso Papa Giovanni dava udienza ad un gruppo enorme di devoti del Santo di Padova organizzati dai frati del Messaggero di Sant'Antonio (20mila pellegrini) nel periodo di preparazione alla Festa antoniana del 13 giugno. In quell'occasione, nell'imminenza del Concilio Vaticano II, il Papa buono ricordò con commozione la sua amicizia con i frati, rinnovata nel periodo in cui fu Patriarca di Venezia, e per questo spesso di passaggio a Padova.
Nel suo discorso il Pontefice esortava i pellegrini e devoti del Santo a darsi ad un triplice apostolato, come Antonio: la preghiera, apostolato sempre aperto a tutti, l'esempio di vita, mostrando in pubblico e senza timore la propria appartenenza a Cristo, e l'apostolato della parola, in unione e conformità al Magistero della Chiesa.